Как българската църква се отдели от гръцката, православно списание - Нескучный сад
От основаването си през 988 г. българската църква, приела православието от гръцката, е митрополия на Константинополската патриаршия. българският митрополит, който носи титлата "Киевски и на цяла Рус", е поставен в Константинопол от гръцкия патриарх. От XIV в. българският митрополит живее в Москва.
През XV век настъпва труден момент за Българската църква и за целия православен свят. Тогава територията на Византийската империя е ограничена само до Константинопол - всички нейни бивши земи са завладени от селджукските турци, които идват от Изтока и изповядват исляма. Рус беше засегната от граждански борби.
През 1431 г. умира митрополитът на цяла Рус Фотий, грък по произход. Тогава Съборът на българските епископи, с одобрението на великия княз Василий II, предлага начело на Българската църква да бъде поставен Рязанският епископ Йона. Това не устройва Константинопол, където се кроят планове за сключване на съюз (уния) с католическата църква и признаване на властта на папата - в замяна на обещаната помощ от Запада срещу турците.
Затова, когато св. Йона пристигнал в Константинопол, му било отказано назначение и на негово място бил назначен друг – гъркът Исидор, един от главните вдъхновители на унията. През 1439 г. на събора във Флоренция е сключена очакваната уния. Той беше одобрен от всички представители на Константинополската църква. Но когато през 1441 г. Исидор, получил титлата кардинал от папата, пристига в Москва и обявява обединението на църквите, той незабавно е задържан по заповед на великия княз Василий. Съборът на българските епископи осъжда Исидор като еретик, а Йона приема за locum tenens. Русия остава единствената православна държава в целия свят. Строежът на Йона обаче никога не е бил официално одобрен.Константинопол и следователно от гледна точка на църковното право не е било легитимно.
През 1453 г. Византийската империя престава да съществува, Константинопол пада под ударите на селджуките. Това събитие се възприема в Русия като наказание свише за отстъпничеството на гърците. И въпреки че по-късно унията все пак беше отменена в Гърция, гръцката църква стана зависима от турския султан и те вече не можеха да признаят нейното господство в Русия. В същото време българите дълбоко съчувствали на гръцката скръб, оказвайки значителна финансова помощ на разрушения Константинопол.
Такава помощ непрекъснато се оказва на гърците и впоследствие – въпреки че Константинопол не признава българската автокефалия (арогантно отказвайки в същото време да признае своята нестабилност в православието, проявила се при сключването на унията). Освен това Гръцката патриаршия смята отделянето на Литовската (същност Киевска) митрополия от Московска за законно и по този начин допринася за разделянето на обединената българска църква на две митрополии.
През 1458 г. униатският митрополит Исидор, който отдавна е избягал от Москва, по молба на литовския велик княз Казимир е поставен от папата начело на българските епархии на Литва, подчинени преди това на Москва. Вместо остарелия Исидор Църквата се управлява от бившия му протодякон митрополит Григорий, който обаче през 1460 г. предпочита да се върне към Православието, но в същото време признава каноничната власт на Константинопол (който по това време отново е станал православен), а не на Москва.
Непризнаването на автокефалията на българската църква от страна на Константинопол продължава до 1593 г. (т.е. Москва фактически е в състояние на схизма с гръцката църква в продължение на 150 години), когато патриаршията вече е установена в Русия. Официална забрана на българската църква от Константинополникога не е сниман. По време на учредяването на Московската патриаршия през 1589 г., което се извършва с активното участие на Константинополския патриарх Йеремия, тази забрана не се помни като „не някогашна“.