ФИЛОГЕНЕЗА НА ГЪБИТЕ
Произходът на базидиомицетите е доста неясен. Някои миколози ги извличат от зигомицети, други от аскомицети, по-специално от дискомицети. В същото време е необходимо да се приеме, че базидиоспорите по същество са ендогенни по произход: върху хомоложната торба на базидия, след редукционното разделяне на диплоидното ядро, се образуват четири външни издатини; всяка издатина включва ядро и цитоплазма, около които се образува нова мембрана (както около аскоспорите), отделяща ги от канала на стеригмата; понякога тази обвивка се забелязва, тъй като не приляга плътно към външната обвивка (издатина) на базидиума. Аналогия на това образуване на спори се открива при някои зигомицети, където едноспоровите спорагиоли се развиват по подобен начин (хетокладиум и др.).
Сексуалният процес при базидиомицетите е морфологично изключително прост и се изразява в повечето случаи под формата на анастомози на две вегетативни мицелни клетки. Никой от представителите на базидиомицетите няма специални полови органи; от друга страна, дикарионната фаза съществува много по-дълго, отколкото при аскомицетите (с изключение на тафрините) и продължава почти през целия цикъл на развитие.
Най-примитивните сред базидиомицетите са най-простите холобазидиомицети с рудиментарно плодно тяло под формата на плосък хлабав плексус от хифи с гладък хименофор. Тяхната по-нататъшна еволюция се изразява в образуването на по-масивни, различно разположени плодни тела, със силно увеличена повърхност на хименофора, развиващи огромен брой базидиоспори.
Връзката между Gasteromycetes и Hymenomycetes е неясна; възможно е те да са се развили в няколко еволюционни серии от нисшите хименомицети; от друга страна, има малко привърженици на теорията за произхода на Agariaceae от Gasteromycetes.
Phragmobasidiomycetes се отделят рано отпротозойни холобазидиомицети. Сред тях вероятно първични са разредите с плодни тела.
Различното положение на преградите във фрагмобазидиите на Tremellales и Auriculariales очертава тези два разреда като две независими линии на еволюция. Но преходите във формите на фрагментация на базидиума водят до заключението, че тези разреди биха могли да възникнат от общ прародител. Танов, най-вероятно, е някакъв таксон от холобазидиални гъби, близки до примитивните Aphyllophorales. Що се отнася до главите (Ustilaginales) и ръждите (Uredinales), тогава, като се има предвид напречното разположение на преградите в техните базидии, можем да говорим за семейна връзка с Auriculariales. Това се потвърждава и от други, по-особени характеристики на организацията. Мръсен и ръждясал, възникнал от общ прародител,
еволюирали независимо един от друг. Във връзка с паразитното си съществуване те са загубили плодните тела, които са имали техните предци, но са развили много специални приспособления както в начина си на живот (сред шумолене), така и в морфологията. Конидиалните форми в много висши гъби, особено в аскомицетите, поради регресията или загубата на половия процес, са придобили физиологична и морфологична независимост; в таксономията на гъбите това дава основание за отделянето им в отделна таксономична група несъвършени гъби.