Ноевият ковчег е пуснат на вода в Московския държавен университет, наука и живот
Мащабна електронна база данни е предназначена да работи с голямо разнообразие от биологична информация - от диетата на едноклетъчни организми до секвенирани геноми.
Наскоро писахме, че работата по създаването на цифров хербарий е в разгара си в Московския държавен институт. Дигиталният хербарий обаче е само част от огромна информационна система, наречена Ноев ковчег, която съдържа данни за проби от биологичните колекции на университета и неговите партньори, включили се в проекта.
За всяка проба служителите на MSU създават подробни паспорти, съдържащи разнообразна информация за всеки от организмите от „колекцията“. Важно е не само наличието на самата проба, но и нейното подробно описание: какъв вид организъм е, от кого, къде и кога е събрана, какво е забележително и защо може да се използва в науката и практиката.
Според Алексей Соловченко, ръководител на отдела за микроорганизми и гъби, информационната система има всичко, за да се превърне в истинска база от знания за живите организми. В „Ноевия ковчег” (който се създава като част от безвъзмездна помощ от БНФ „Научни основи за създаване на национално хранилище на живи системи”) можете да запазите не само описанието на самите организми, но и всички методи за работа с тях: как да ги култивирате, изучавате и съхранявате за дълго време. Това е особено важно за колекции от едноклетъчни организми като бактерии и микроводорасли.
„Основният принцип на системата е адаптивна форма на паспорта на пробата, която първоначално съдържа минимум информация, описваща всяка проба, независимо от вида на биоматериала и колекцията: данни за това къде и как е получена пробата, както и информация за живия организъм, от който е взетаматериал. Останалата част от паспорта е конфигурирана по такъв начин, че да отразява оптимално и напълно информацията, специфична за различни живи същества и единици за съхранение, от бактерии до животни “, казва Петр Каменски, научен координатор на проекта Ноев ковчег, водещ изследовател в Биологическия факултет на Московския държавен университет.
Засега вграденият в системата геномен браузър е в процес на разработка, но в допълнение към него в бъдеще системата ще има и други биоинформационни услуги, с помощта на които потребителите на хранилището ще могат да извлекат максимума от информацията, съхранявана в него.
Броят на дигитализираните проби непрекъснато се увеличава чрез качване на нови колекции и добавяне на информация от съществуващи електронни бази данни. „Ноевият ковчег“ е разработен така, че да събира информация за колекции не само от Московския университет, но и от други научни организации – така за първи път е създаден прототип на система, която да обедини всички български биоколекции.
„Към момента в системата са заредени около 510 000 проби, от които 500 000 са хербарни проби, а около 10 000 са микроорганизми, които са детайлно характеризирани. За тях, освен микроснимки, в системата се зареждат подробни описания, до предпочитаното „меню“ и „пръстови отпечатъци“ (фрагменти от генома). До края на 2018 г. планираме да качим в информационната система всички образци, които се намират в колекциите на Московския държавен университет“, продължава Петр Каменски. – „Сега в системата има 19 колекции, процесът на инвентаризация, дигитализация и зареждане на данни продължава.
Физически колекциите на Хранилището на Московския държавен университет се намират в лабораториите, където се обработват. Ако вземете Биологическия факултет, тогава има поне сто колекции. Преди това собствениците на колекции един за другзнаеха малко и съответно само хората, които пряко са работили с тях, можеха да използват колекциите. С появата на нашата информационна система ситуацията се промени драматично.
Няма съмнение, че "Ноевият ковчег" има голямо научно бъдеще - в света няма аналози на такава информационна система, която позволява да се оперира с информация за биологични проби от най-различно естество, както и да се управляват хранилища на биоматериали.