Теория на симбиогенезата
Смята се, че еукариотите са възникнали преди 1,5 милиарда години. Напоследък все повече се потвърждаватеорията за симбиогенезата (от гръцки sim - заедно, biosis - съжителство и генезис), според която всички еукариотни организми са резултат от своеобразна симбиоза на различни видове прокариоти. Големите хетеротрофни прокариоти, които се хранеха с малки, не успяха да усвоят някои от тях и те се вкорениха в цитоплазмата на „хищниците“, превръщайки се в митохондрии, пластиди и флагели. Всъщност митохондриите и пластидите са покрити с двуслойни мембрани, съдържат собствен генетичен апарат под формата на ДНК молекула, сгъната в пръстен (както при бактериите), имат по-малки от обичайните рибозоми, възпроизвеждат се като клетките, като се разделят наполовина.
Симбиотичното образуване на еукариотните организми трябваше да протече на няколко етапа (фиг. 221). Първоначално прокариотният организъм, който вероятно е имал амебоидна форма, включва малки аеробни бактерии в своята цитоплазма, които в крайна сметка се превръщат в митохондрии. Тогава се получи втора симбиоза. Този път амебоидната клетка с митохондрии изяде спираловидната бактерия. В резултат на това се образуват прокариоти с камшичета, митохондрии и клетъчни мембрани, проникващи в цитоплазмата. Постепенно, с развитието на системата от вътреклетъчни мембрани, от тях се формира обвивката на ядрото и успоредно с това се образуват първични хромозоми от ДНК и специфични основни хистонови протеини. От такива първични камшичести еукариоти се образуват протозои и едноклетъчни гъби. Пътят към едноклетъчните водорасли очевидно минава през третата симбиоза. Този път, цианобактерии, откоито са възникналихлоропласти (и сега на Земята живеят редица едноклетъчни видове зелени и златни водорасли с амебоидна форма).