История на Half Life
G-Man събужда Гордън от стазис 20 години след инцидента в Черната меса. Фрийман се събужда в пътнически влак, пристигащ в Сити 17. Гражданинът, който пътува с него, казва, че не е забелязал Гордън да се качва на влака. На гарата Гордън се кани да вземе влак до Нова проспект, но служители на гражданската защита - "полицията" на Алианса, го принуждават да отиде в стаята за разпит. Офицерът, който трябваше да разпита Фрийман, внезапно сваля маската си и Гордън го разпознава като стар приятел, Барни Калхун, бивш офицер от сигурността на Black Mesa. Оказва се, че Барни е проникнал в редиците на гражданската защита, работейки под прикритие за съпротивата. Той изпраща Гордън в подземната лаборатория на д-р Клайнер, бивш учен, сега също член на съпротивата. Докато Гордън си проправя път през града, той става свидетел на сцена на масови арести в жилищна сграда; двама души на улицата забелязват: "Така е винаги ... първо сградата, после целият блок." Детекторите на Алианса улавят „извънредно население“ в сградата и ченгетата започват да преследват Гордън. В резултат на това, след като го настигнаха, те зашеметиха Гордън с парализиращи електрически палки, но той беше спасен от Аликс Ванс, дъщерята на бившия колега на Фрийман, Ели Ванс. Аликс отвежда Гордън до лабораторията на д-р Клайнер, скрита в задни стаи до градската подстанция.
В лабораторията Гордън облича нов и подобрен модел 5 Power Suit (H.E.V. 5). Клайнър решава, че е най-добре да изпрати Гордън в Black Mesa East, бунтовническата база извън града, на мястото на стара водноелектрическа централа, използвайки телепорт, който той конструира. Но поради повреда на телепортера от домашния любимец на Kleiner, процесът на телепортиране се проваля. Първо Гордън влиза при ЕлиEast Black Mesa, след това - обратно в лабораторията на Kleiner, след това при Brin в Цитаделата и в резултат на това той се телепортира извън прозореца на лабораторията на Kleiner. Гордън пътува до Black Mesa East пеша. Барни скоро го среща и дава на Фрийман ютия за гуми. Той казва, че не може да отиде с него, защото трябва да се грижи за Клайнер.
Проправяйки си път през каналите на града, преследван от войници на Алианса, Гордън намира бази на съпротивата, обитавани от бежанци, бунтовници и Вортигонти, разумни извънземни от Ксен, които станаха съюзници на съпротивата след седемчасова война. Излизайки в покрайнините на града, Фрийман намира бунтовнически лагер, където му е дадена въздушна лодка, която му позволява да пресече радиоактивните канали.
Патрулите на Алианса забелязват въздушната лодка на Гордън и изпращат боен кораб в преследване. Когато Фрийман пристига в базовата база на съпротивата, механикът Вортигонт монтира импулсна картечница на лодката на Гордън, благодарение на която Фрийман се отървава от хеликоптера, изчезва от силите за сигурност на Алианса и безопасно достига до базата.
Гордън пристига в базата. Той е посрещнат от асистентката на Ели, Джудит Мосман. Тя придружава Фрийман до Илай. След това Alyx му дава гравитационен пистолет и му показва как да го използва. Гордън си играе с разредена военна топка с електромин с робота Кучето Аликс, оборудван с подобен манипулатор. Внезапно базата е подложена на масивна атака от силите на Алианса и Гордън и Аликс трябва да се върнат вътре. Таванът се срути в резултат на атаката, отрязвайки пътя на Гордън обратно и той трябва да напусне през подземен тунел, водещ до изоставения миньорски град Рейвънхолм. Ели Ванс е арестуван и изпратен в бивш затвор с максимална сигурност, сега военна база и лаборатория.Нова проспект.
Гордън скоро разбира защо Рейвънхолм е изоставен: пълен е с хедкраби паразити (малки същества от света на Ксен, които превръщат хората в зомбита, като подчиняват ума им) и зомбирани хора. Единственият човек, който срещнах и който живее в Рейвънхолм, е полулудият свещеник отец Григорий. Той помага на Фрийман да оцелее в зловещ град, снабдява го с пушка и го отвежда до изоставена мина, която води до доковете на брега близо до Сити 17. Преди това този миньорски град, който беше една от базите на съпротивата, беше подложен на масивен обстрел от раци. Допълнителната цел на тази бомбардировка беше да се намали силата на съпротивата.
Гордън открива база на съпротивата, атакувана от войници на Алианса. След като отблъсква атаката, Аликс се свързва с Гордън чрез телеконференция и го информира, че Ели е заловен и е в Нова проспект, затвор с максимална сигурност, като моли Гордън да го освободи: „Преди това беше затвор с максимална сигурност, но сега нещо по-лошо. Ще се срещнем при товарния влак…” Бунтовниците предоставят на Гордън импровизирана кола бъги, с която той се отправя по крайбрежието към затвора. В същото време елитен "свръхчовешки" отряд от въоръжените сили на Алианса е изпратен да преследва Гордън. Движейки се по крайбрежието, Гордън трябва да пробие множество препятствия и засади и да помогне на други бунтовници да отблъснат вражески атаки. Ситуацията на Гордън се усложнява допълнително от факта, че е започнал размножителният период за насекоми, живеещи по крайбрежието от Зена - мравуняци, и в този момент те са особено агресивни.
Гордън пристига в Beacon Point, следващата база на съпротивата, и помага на бунтовниците да се преборят с първите вълни от атаки от силите на Алианса, но след това е принуден дапродължете пътуването си пеша. Тайна пътека отвежда Фрийман до пясъчен плаж, под който се крият орди от мравуняци. За да не ги събуди, Гордън трябва да си проправи път през скалите и да използва различни устройства. В края на пътуването Фрийман ще трябва да се бие с пазителя на мравките - Мирмидонт. След като го победи, Гордън получава фероподи - жлези, пълни с феромони, благодарение на които той вече може да контролира мравките и да ги насочва срещу враговете. С помощта на мравуняци Гордън щурмува контролно-пропускателните пунктове пред Нова проспект. Когато той прониква в базата през старите канализационни тръби, пазачите извикват двама щурмоваци, но Гордън успешно ги унищожава и прониква в сградата на затворническия комплекс.
След като прониква в старата част на затвора, Гордън се отправя към гарата, за да се срещне с Аликс. С помощта на лъвове-мравки Фрийман преодолява съпротивата на пазачите на затвора и зомбитата, които са влезли в изоставените помещения. Също така, играчът ще има две битки с пазачите на antlions. Тук за първи път играчът чува д-р Брийн да се обръща към войниците за неуспеха да заловят Фрийман, наричайки ги дегенерати. В стаята за наблюдение на един от екраните можете да видите G-Man.
Гордън среща Аликс, след което намират Ели. Аликс, използвайки компютъра, който е хакнала, изпраща капсула с Ели в стаята за телепортиране, след което тя и Гордън започват да си проправят път към телепортатора. Гордън щурмува пътните блокади и се бие със специалните сили на Алианса, изпратени срещу него, докато Аликс препрограмира картечниците, за да се насочат към войниците и деактивира защитните полета. След това намират камера за телепортиране и намират там Джудит Мосман, която се оказва предател и отдавна работи за Алианса.Аликс й нарежда да телепортира Ели в лабораторията на д-р Клайнер, но вместо това Мосман успява да транспортира себе си и Ели до главната база на Алианса, Цитаделата. Докато телепортът се зарежда отново, Гордън и Аликс се борят с атаките на войниците на Алианса, след което се телепортират в лабораторията на Клайнър.
Експлозия на телепорт кара Гордън и Аликс да пристигнат в лабораторията на Клайнер седмица след напускането (въпреки че за Гордън и Аликс тази седмица се чувства като част от секундата между „все още там“ и „вече тук“). През това време съпротивата се издига в бунт и Град 17 е хвърлен в хаос. Аликс решава да придружи Клайнър до безопасно място и минава покрай Кучето, за да помогне на Гордън, но почти веднага роботът се включва в битка с оборудването на Алианса. След това Гордън среща група бунтовници и заедно с тях се опитва да стигне до Цитаделата, за да освободи Илай Ванс. Отрядът на Фрийман успешно си проправя път от покрайнините на града. Аликс скоро се присъединява към тях: с нейна помощ Фрийман унищожава един от генераторите, които доставят енергия на отбранителните системи на Алианса. След това обаче, след като отиде на разузнаване, Аликс попада в засада и тя е отведена на транспортер. Фрийман тръгва да търси Барни Калхун.
От командира на бунтовническия отряд Гордън научава, че Барни е прикован от снайперисти на покрива, след което го спасява. Гордън и Барни с бунтовниците си проправят път към крепостта на Алианса, наречена Nexus of Oversight, за да деактивират генераторите на силово поле, блокиращи прохода към Цитаделата. Зоната пред базата се контролира от устройство за потискане. Нахлувайки в сградата, Фрийман унищожава три генератора, подходите към които са блокирани от капани и автоматични картечници. Освен това Алиансът постоянно изпраща парашутисти за защита на сградата. След устройството за потисканее деактивиран, зоната пред сградата се превръща в бойно поле за бунтовниците и силите на Алианса. Барни остава в сградата, за да координира други отряди, докато самият Фрийман трябва да си проправи път до склада за боеприпаси за РПГ, за да унищожи многобройните крачащи - огромните роботи на Алианса. С помощта на Фрийман, бунтовниците отблъскват тази атака и Гордън се изправя пред следващата битка в подножието на цитаделата, където друг отряд от краци, подкрепен от многобройна пехота, атакува руините на бунтовническия жилищен квартал. След битката край стената Гордън отново среща Барни и Кучето. Кучето пробива дупка в стената, през която Фрийман сам влиза в Цитаделата.
Озовавайки се в Цитаделата, Гордън скоро се оказва в задънена улица и трябва да пътува по-нататък в транспортна капсула, движеща се някъде в лабиринтите на базата. Системата за сигурност забелязва Гордън и го поставя в поле за конфискация, което унищожава всички оръжия с изключение на гравитационния пистолет. Когато се опитате да унищожите това устройство, системата се проваля и, напротив, подобрява свойствата си, добавяйки нова - способността да манипулира органичната материя. Въоръжен само с нея, Гордън си проправя път към горните нива на Цитаделата, докато не попада отново в задънена улица и е принуден да пътува в контейнер за втори път.
Капсулата на Гордън се издига до горните етажи на Цитаделата, след което спира и в стаята се активират силови полета, конфискуващи оръжия; под въздействието на полетата, гравитационният пистолет бавно се носи във въздуха и се взема от един от войниците на охраната. Джудит Мосман се среща с бившия учен и придружава контейнера с него до офиса на председателя Брийн, където Гордън най-накрая се изправя лице в лице с него. Брийн се опитва да убеди Илай, който е обвит в металконтейнер, за да премине към Алианса, но когато лидерът на съпротивата отказва, Брин призовава Аликс, също затворена в метална капсула. Когато Брин осъзнава, че дори от страх да не нарани Аликс, той няма да успее да убеди Ели, той казва, че вече не се нуждае от него и започва да заплашва Гордън. Но когато той решава да изпрати Ели и Аликс чрез телепорт в светове, където според него е невъзможно да оцелеят, Джудит, която е лелеяла надеждата да спаси Илай, заема страната на Гордън и го освобождава от контейнера. Брин грабва гравитационен пистолет и изстрелва енергиен взрив към противниците, след което успява да избяга до телепорт, който може да го отведе на друго място. Мосман и Илай остават в офиса на Брийн, подготвяйки се да напуснат Цитаделата с личната му транспортна капсула, докато Гордън и Аликс гонят. Момичето се опитва да изключи телепорта с помощта на компютъра, но не успява, защото Брин прехвърля контрола на другата страна и Гордън трябва да тръгне след Уолъс. За негово нещастие Брин оставя гравитационен пистолет в контролната зала на реактора, с който Гордън се пробива до телепорта и го унищожава. Асансьорът с Брин пада от голяма височина. В този момент се случва мащабна експлозия, но след това времето спира и G-Man се появява пред Гордън, казвайки, че е получил интересни предложения за Фрийман. След това G-Man се сбогува и тръгва към светлия отвор, като го информира, че ще се обади на Гордън, когато дойде времето за последния.