А. Транспорт на протеини
Биосинтезата на протеини започва върху свободни рибозоми (на диаграмата по-горе). Въпреки това, пътищата на синтезираните протеини скоро се различават според тяхната функция: протеини, носещи сигналния пептид за ER (1) в N-края, преминават през секреторния път (на диаграмата вдясно), докато други протеини, които нямат тази сигнална последователност, следват цитоплазмения път (на диаграмата вляво).
Секреторен път. Рибозомите, които синтезират протеин със сигнална последователност за SER, са свързани с мембраната на ендоплазмения ретикулум (виж Синтез на протеин и неговото съзряване). Нарастващата пептидна верига се насочва през мембраната в лумена на RER. Следващият път на нарастващата верига се определя от присъствието на съответниясигнален пептид илисигнален регион.
Протеините, които имат специална стоп сигнална последователност (4) в нарастващата верига, остават в SER мембраната като интегрален мембранен протеин. По механизма на везикуларния транспорт те могат да бъдат прехвърлени от RER към други органели.
Протеините, които влизат в лумена на RER, се транспортират по обичайния начин до апарата на Голджи и по-нататък до плазмената мембрана. Протеините, които остават в RER, като ензими за модификация на протеини, се връщат от апарата на Голджи към RER чрез обратен сигнал (2). Други протеини от апарата на Голджи навлизат в лизозомите (3, виж Синтез и съзряване на протеини) или плазмената мембрана (като интегрални мембранни протеини или продукти на конститутивна екзоцитоза), или се транспортират от секреторни везикули (8) в извънклетъчното пространство (9; регулирана екзоцитоза).
Цитоплазмен път. Протеините, които нямат сигнален пептид за SER, се синтезират в цитоплазмата върху свободни рибозоми и остават в тази част на клетката. За по-нататъшен транспорт доПротеините на митохондриите (5), ядрата (6) или пероксизомите (7) трябва да имат специални сигнални последователности.