скрийнметър-софтуер за морфометрични изследвания на хистологични

Начало - Статии - Използване на програмата ScreenMeter.

Използване на програмата ScreenMeter за изследване на морфометричните параметри на нервните клетки

Ако се занимавате с научни или практически лабораторни изследвания в областта на медицината, ветеринарната медицина или биологията, тогава вероятно трябва да извършите морфометрични изследвания на микропрепарати. Във време, когато за персонални компютри, цифрови микроскопи и други „напреднали“ технологии можеше само да се мечтае, изследователите използваха конвенционални очни микрометри за измервания. Сега на пазара се появиха специализирани софтуерни продукти, предназначени да автоматизират този труден процес. Възможностите на такива програми са просто невероятни. Пълна автоматизация на морфометричните изследвания - за какво друго може да мечтае един изследовател? Въпреки това, цената на такива продукти обикновено е доста висока (защото те го заслужават), но финансирането на вътрешната наука и медицината, за съжаление, все още оставя много да се желае.

В тази ситуация изследователите често трябва да се върнат към добрите стари очни микрометри, а онези, които не са чужди на програмирането, пишат свой собствен продукт. От тази необходимост се роди програмата ScreenMeter. В сравнение с такъв гигант в индустрията като Videotest-Morphology, неговите възможности, разбира се, са много скромни (най-малкото), но е по-достъпен. Ето основните характеристики на ScreenMeter:

Цитокариометрични измервания в ръчен режим.
Линейни измервания в ръчен режим.
Измерване на ъгли в ръчен режим.
Преизчисляване на получените данни във физически единици за дължина.
Изчисляване на най-често използваните описателни статистики.
Повече, ако е необходимоподробен математически анализ, възможно е получените данни да се експортират във формат на електронна таблица MS Excel.

Ако сте изтеглили и инсталирали демо версията на ScreenMeter, когато стартирате програмата, ще видите списък с две добавени изображения от лявата страна на прозореца. Единият от тях е фрагмент от микропрепарат на цилиарния ганглий на куче, оцветен с хематоксилин-еозин, а другият е снимка на обектно-микрометровата скала - ще ни бъде полезна за калибриране (виж фиг. 1).

Фиг.1 Главен прозорец на демонстрационната версия на ScreenMeter.

Преди да започнем измерванията, трябва да зададем структурата на таблицата. Първо, нека създадем няколко колони в него. В главното меню на програмата изберете елемента Таблица, а в него подпозицията Добавяне на колона (вижте фиг. 2).

Фиг.2 Добавяне на нова колона към таблицата с данни.

В резултат на това действие в таблицата ще се появи нова колона със заглавие по подразбиране Колона1. За да промените нейните свойства, направете тази колона текуща. За да направите това, разгънете списъка с колони (отляво на таблицата с данни) и изберете Column1 в него. (Вижте фиг. 3).

Фиг.3 Конфигуриране на инспектора на колони за показване на свойствата на новата колона.

Това ще покаже свойствата на тази колона в инспектора на колони под списъка. Нека ги редактираме. Първо трябва да промените заглавието по подразбиране. За да направите това, щракнете с левия бутон върху реда Заглавие и редактирайте стойността на свойството (вижте Фиг. 4).

Фиг.4 Промяна на заглавието на колоната.

Въведете заглавието „Област на ядрото“ (без кавички) и натиснете клавиша Enter. След това щракнете с левия бутон върху реда Function и изберете функцията elArea от падащия списък. Тази функция ви позволява да измервате площта на елипса с помощта наспециален обект (но повече за това по-късно). Ако е необходимо, променете ширината на колоната, така че нейното заглавие да пасне напълно в нея (вижте Фигура 5).

Фиг.5 Промяна на ширината на колоната.

Като променлив атрибут "Метод на заместване" посочете стойността "Четен" (вижте фиг. 6). Сега стойностите на площта на елипсата, измерена от четни обекти, ще бъдат заменени в клетките на тази колона.

Фиг.6 Промяна на променливия атрибут на колона.

Добавете друга колона към таблицата, наименувайте я Cell Area и задайте функцията elArea. Задайте атрибута Метод на заместване на Нечетен. И за да завършите дефинирането на структурата на таблицата с данни, добавете последната колона, дайте й заглавието „NLO“ и функцията „NLO“. За атрибута „Ядро“ посочете името „Област на ядрото“ и като атрибут „Клетка“ посочете името „Област на клетка“ (това са заглавията на колоните, които бяха добавени към таблицата по-рано).

След като по този начин определите структурата на таблицата с данни, можете да продължите към основния етап на работа - вземане на измервания от микропрепарат с помощта на измервателни обекти. Щракнете с левия бутон върху изображението на невроцита на малкия цилиарен ганглий в списъка с изображения (вляво). В резултат на това изображението ще се отвори в работната област на програмата. Сега изберете елемента "Обект" в главното меню на програмата и в него подпозицията "Елипса", след което щракнете върху изображението. В резултат на това към изображението ще бъде приложен елиптичен обект (вижте Фиг. 7).

Фиг.7 Елипса на измерван обект.

Нека го разгледаме внимателно. Елипсата има четири етикета, от които три са важни. Първият от тях е означен с латинската букваa. Като го плъзнете, можете по този начин да плъзнете цялата форма около изображението. Второто се отбелязва с малка букваЛатинска букваb. Чрез плъзгане можете по този начин да промените ъгъла на ориентация на фигурата и дължината на голямата ос на елипсата. Третият е отбелязан с букватаc. Като го плъзнете, можете да промените дължината на втората ос на елипсата. Използвайки тези три знака, позиционирайте фигурата така, че да покрива ядрото на нервната клетка. Опитайте се да го позиционирате така, че и четирите етикета да лежат върху ядрената мембрана. Това не винаги е възможно, тъй като ядрата и клетките само приблизително съответстват на елипсата. Опитайте се да приближите елипсата възможно най-точно - от това зависи точността на измерването (виж фиг. 8).

Фиг.8 Измерване на елипсоидалното ядро.

След това приложете друг подобен предмет върху тялото на нервната клетка по подобен начин (виж фиг. 9).

Фиг.9 Измерване на ядрото и тялото на клетката.

В резултат на наслагване на измервателни обекти върху изображения, ScreenMeter автоматично ще добави ред към таблицата с данни. В клетките на съответните колони ще се появят стойностите на площите на ядрото и клетката, както и ядрено-цитоплазменото съотношение. Измерете останалите клетки в демонстрационното изображение по същия начин. В резултат на това таблицата ще приеме следната форма (вашите числа може да се различават):

Фиг.10 Външен вид на таблицата с данни след получаване на измерванията.

Тези данни обаче все още не могат да се използват, тъй като се измерват в екранни пиксели (с изключение на NCR, тъй като тази стойност е безразмерна и не зависи от единиците). За да се превърнат тези цифри в реални единици, е необходимо да се калибрира. За да направите това, щракнете върху изображението на мащаба - то ще се отвори в работното пространство. Сега приложете обект на линия за калибриране към изображението. С помощта на етикета, маркиран с латинската букваa, линията за калибриране може да се плъзга върху изображението,и с етикета, маркиран с букватаb можете да промените неговата дължина и ориентация. Поставете маркировките на сегмента за калибриране върху съседни деления на скалата на най-късото разстояние едно от друго, както е показано на фиг. единадесет:

Фиг.11 Прилагане на линията за калибриране.

Обърнете внимание - левият сегмент на Фигура 11 е начертан правилно - разстоянието между неговите знаци е най-късо (или поне близко до него), а десният сегмент е нанесен неправилно. Разстоянието между неговите знаци не съответства на разстоянието между деленията на скалата. Сега в главното меню изберете елемента Файл и в него под-елемента Калибриране. В диалоговия прозорец, който се появява, поставете отметка в квадратчето Калибриране на размерите. В списъка с изображение за калибриране изберете мащаб, след което за линията за калибриране изберете линия за калибриране 0. След това в полето Actual length въведете числото 10 и в списъка Unit. рев. изберете микрометри (вижте фиг. 12).

Фиг.12 Попълване на полетата в прозореца за калибриране.

Такова калибриране не е правилно, тъй като микрометърният обект е заснет при същите условия като микропрепарата, т.е. използвайки същата оптична система. Натиснете бутона OK и програмата ще преобразува всички получени стойности в реални единици за дължина. Стойностите в клетките на колоната JCO естествено няма да се променят.

Фиг.13 Таблица с данни след калибриране.

Като отидете в раздела Таблица за анализ, можете да видите някои описателни статистики за всяка колона и като изберете елемента от менюто Таблица>Експортиране в MS Excel, можете по този начин да прехвърлите измерените данни във формат на електронна таблица на MS Excel (за това Excel трябва да е инсталиран на вашия компютър).

Абонамент за бюлетин на проекта: